Guida degli insegnamenti
Syllabus
Partially translatedTradotto parzialmente
Maria Assunta BISCOTTI
Lingua di erogazione: ITALIANOLessons taught in: ITALIAN
Laurea Magistrale - [SM04] BIOLOGIA MOLECOLARE E APPLICATA (Curriculum: BIOLOGIA COMPUTAZIONALE) Master Degree (2 years) - [SM04] APPLIED AND MOLECULAR BIOLOGY (Curriculum: BIOLOGIA COMPUTAZIONALE)
Dipartimento: [040017] Dipartimento Scienze della Vita e dell'AmbienteDepartment: [040017] Dipartimento Scienze della Vita e dell'Ambiente
Anno di corsoDegree programme year : 2 - Secondo Semestre
Anno offertaAcademic year: 2023-2024
Anno regolamentoAnno regolamento: 2022-2023
Obbligatorio
Crediti: 6
Ore di lezioneTeaching hours: 48
TipologiaType: B - Caratterizzante
Settore disciplinareAcademic discipline: BIO/06 - ANATOMIA COMPARATA E CITOLOGIA
ITALIANO
Italian
Conoscenze base di matematica, biologia molecolare, genetica e bioinformatica.
Basic knowledge of math, molecular biology, genetics, and bioinformatics.
Sono previste lezioni teoriche (3 CFU) ed esercitazioni pratiche (3CFU) in laboratorio (svolte a livello individuale o a piccoli gruppi).
Le lezioni a contenuto teorico saranno erogate anche in streaming attraverso il collegamento via Teams alla lezione erogata in aula (modalità telematica sincrona). Il link per il collegamento sarà comunicato sulla piattaforma Moodle.
Theoretical lessons are planned (3 credits) as well as practical laboratory (3 CFU) at the computer lab (carried out individually or in small groups).
Theoretical lessons will also be provided in streaming via Teams at the same time as the classroom lessons (synchronous telematic mode). The link will be shared on Moodle platform.
L’insegnamento fornisce allo studente conoscenze sull’importanza della trascrittomica, gestione e analisi dei dati e possibili applicazioni.
Capacità di applicare conoscenze e comprensione.
Al termine dell’insegnamento lo studente dovrà essere in grado di utilizzare le competenze acquisite in modo critico e comprendere le applicazioni della trascrittomica.
Competenze trasversali.
Attraverso le esercitazioni di laboratorio previste lo studente acquisirà autonomia di giudizio nonché la capacità comunicativa derivante anche dal lavoro in gruppo.
Knowledge and Understanding.
At the end of the course, students will have acquired the knowledge on the importance of the transcriptomics, data management and analysis and possible applications.
Capacity to apply Knowledge and Understanding.
At the end of the course, students have to be able to use the skills acquired in a critical way and understand the applications of transcriptomics.
Transversal Skills.
Through laboratory practices, students will acquire autonomy in judgment and communication skills also arising from work in groups.
Introduzione. La trascrittomica: northern blotting, RT-PCR, microarray e RNA-sequencing. Disegno sperimentale, estrazione dell’RNA e valutazione della sua qualità, preparazione di librerie di sequenziamento.
Esercitazione: estrazione dell’RNA e valutazione qualitativa e quantitativa.
Valutazione dei dati RNA-Seq (fastq file, FastQC). Esercitazione: download dati; introduzione alla piattaforma Galaxy; valutazione qualitativa di dati RNA-Seq single-end e paired-ends, trimming e multiQC.
Strategie di mapping. Esercitazione sul mapping.
Assemblaggio trascrittomico, annotazione e valutazione della qualità del trascrittoma. Esercitazione sull’assemblaggio trascrittomico.
Analisi di espressione genica: normalizzazione e valutazione dell’espressione genica, analisi di espressione differenziale e visualizzazione dei risultati. Esercitazione sull’espressione genica di dati RNASeq.
Esercitazioni pratiche su applicazioni trascrittomiche e interpretazione dei dati.
Introduction. Transcriptomics: northern blotting, RT-PCR, microarrays and RNA-sequencing. Experimental design, RNA extraction and evaluation of its quality, preparation of sequencing libraries.
Practice: RNA extraction and qualitative and quantitative evaluation.
Evaluation of RNA-Seq data (fastq file, FastQC). Practice: data download; introduction to the Galaxy platform; qualitative evaluation of single-end and paired-ends RNA-Seq data, trimming and multiQC.
Mapping strategies. Practice on mapping.
Transcriptome assembly, annotation and transcriptome quality assessment. Practice on transcriptome assembly.
Gene expression analysis: normalization and evaluation of gene expression, differential expression analysis and visualization of results. Practice on gene expression of RNASeq data.
Practice on transcriptomic applications and data interpretation.
L’apprendimento verrà valutato mediante esame orale.
Per gli di studenti con disabilità/invalidità o disturbo specifico di apprendimento (DSA), che abbiano fatto debita richiesta di supporto per affrontare lo specifico esame di profitto all’Info Point Disabilità/DSA dell’Ateneo. le modalità di esame saranno adattate alla luce di quanto previsto dalle linee guida di Ateneo (UNIVPM - Disabilità e DSA - Servizio di accoglienza).
Criteri di valutazione dell'apprendimento.
Durante l’esame orale la conoscenza e la comprensione degli argomenti di studio saranno valutate mediante domande con diverso grado di difficoltà e le competenze acquisite durante le attività pratiche saranno valutate mediante l’esposizione di una workflow di analisi.
Criteri di misurazione dell'apprendimento.
Il voto finale del modulo è attribuito in trentesimi. L’esame si intende superato quando il voto è maggiore o uguale a 18. È prevista l’assegnazione del massimo dei voti con lode (30 e lode).
Criteri di attribuzione del voto finale.
Il voto finale viene attribuito sulla base della capacità dello studente di fornire risposte che dimostrino padronanza della materia con chiarezza espositiva e con una terminologia tecnico-scientifica pertinente.
Learning Evaluation Methods.
Learning will be evaluated through oral exam.
For students with disabilities or specific learning disabilities (SLD), who have made a specific request for support to take the exam at the University Disability Info Point, the examination procedures will follow the University guidelines (UNIVPM - Students with disabilities).
Learning Evaluation Criteria.
During the oral exam, the knowledge and understanding of the study topics will be assessed through questions with different degrees of difficulty and the skills acquired during the practical activities will be assessed through the presentation of a workflow.
Learning Measurement Criteria.
The final mark of this module is attributed in thirtieths. Successful completion of the examination will lead to grades ranging from 18 to 30, and 30 with laud.
Final Mark Allocation Criteria.
The final mark is assigned on the basis of the student's ability to provide answers that demonstrate knowledge of the subject using a clear and relevant technical and scientific terminology.
Metodologie biochimiche e biomolecolari, Maccarrone, Zanichelli, 2019, ISBN: 9788808520555; Biotecnologie molecolari, Brown, Zanichelli, 2017, ISBN: 9788808320964.
Il materiale didattico verrà fornito sulla piattaforma learn.
Metodologie biochimiche e biomolecolari, Maccarrone, Zanichelli, 2019, ISBN: 9788808520555; Biotecnologie molecolari, Brown, Zanichelli, 2017, ISBN: 9788808320964.
The teaching material will be provided on the learn platform.
Il Corso di insegnamento non è erogato in modalità e-learning.
The course is not held in e-learning mode.
Le informazioni contenute nella presente scheda assumono carattere definitivo solo a partire dall'A.A. di effettiva erogazione dell'insegnamento. Academic year 2023-2024
Università Politecnica delle Marche
P.zza Roma 22, 60121 Ancona
Tel (+39) 071.220.1, Fax (+39) 071.220.2324
P.I. 00382520427